Hoje me de parei com uma situação interessante onde precisei matar um processo do MySQL que estava usando toda a memória do mesmo e impossibilitando a utilização do sistema.
Primeiro você deve se conectar ao MySQL (no Linux):
mysql -u USUÁRIO -p
Já conectado ao MySQL, liste os processos. O retorna desta função é uma tabela contendo diversas informações sobre os processos em execução:
Exemplo de processos em execução.
SHOW FULL PROCESSLIST;
Escolha o processo e o mate através do comando KILL passando o ID do processo;
KILL 251;
Onde 251 é o ID do processo.